El santo -a partir de su experiencia- trata el tema de la misericordia muy profundamente. En el Libro de la Noche, donde él se ocupa de la purificación en el más amplio sentido de la palabra, relaciona la purificación con la bondad y la ternura de Dios, quien hace la purificación del sentido y del espíritu para que el hombre esté preparado para la unión con Él. En dicha purificación permite acontecimientos de no fácil aceptación, personas no gratas, enfermedades y cruces, y agrega el santo: “hasta que se humille, ablande y purifique el espíritu, y se ponga tan sutil y delgado que pueda hacerse uno con el Espíritu de Dios, según el grado que su misericordia quisiere concederle de unión de amor” (2 N 7, 3). Esta purificación la hace Él según quiere, y la misericordia la otorga también en la medida que Él determina.

La Oración del Alma Enamorada se puede definir como ORACIÓN DE LA MISERICORDIA en su sentido más profundo. Con un breve análisis de la misma se comprueba: comienza San Juan de la Cruz preguntando a Dios: “Si todavía te acuerdas de mis pecados para no hacer lo que ando pidiendo...”, sabiendo de antemano por su experiencia que este recuerdo ya no existe, y por eso sigue diciendo “ejercita tu bondad y misericordia y serás conocido en ellos”; Dios conocido a través de la fragilidad del hombre y de su miseria, pensamiento expuesto por el santo en muchos pasajes de su magisterio (1 N 6, 4; 12, 2.4.8; 2 N 5, 5; 6, 1.4; LlB 1, 19-23 y otros); la oración continúa: “Y si es que esperas a mis obras para por ese medio concederme mi ruego,... hágase”, donde se percibe una actitud de total abandono, reforzada por el verso siguiente: “Y si a las obras mías no esperas, ¿qué esperas?, ¿por qué tardas?”, hasta llegar la súplica a un cenit de confianza, “Porque si, en fin, ha de ser gracia y misericordia la que en tu Hijo te pido”,... queriendo decir: por mí mismo nada soy y nada puedo, sólo me queda la misericordia que me otorgas en tu Hijo. Porque si el Hijo ha venido para ser fiel imagen de la misericordia del Padre , en ella, -sólo en ella-, va a obtener todo lo que pide. La misma oración es la garantía de lo expuesto por el santo: “No me quitarás, Dios, mío, lo que una vez me diste en tu único Hijo Jesucristo, en que me diste todo lo que quiero” (D. 26). Esta es la trayectoria segura y firme para invocar al Padre; quien así lo hace, no se equivoca.

Los místicos del Carmelo enseñan de un modo magistral la “espiritualidad de la mirada”, y tanto la santa de Ávila, como el santo de la Noche han logrado captar a través de la mirada de Dios su Misericordia y Ternura. Uno de los muchos pasajes es la canción 31: “En solo aquel cabello/ que en mi cuello volar consideraste,/ mirástele en mi cuello/ y en él preso quedaste,/ y en uno de mis ojos te llagaste” (Canc. 31). Comentando esta canción dice: “El mirar de Dios es amar”, famosa afirmación que encierra todo un tratado de misericordia, y al comentar el cuarto verso añade: “Si él por su gran misericordia, no nos mirara y amara primero,... y se abajara, ninguna presa hiciera en él el ‘vuelo del cabello’ de nuestro bajo amor” (CB 31, 8). Intenta explicar con figuras: vuelo de ave, cabello, mirada, presa etc, con cuanta misericordia y amor está amando al pecador y le está mostrando su misericordia.

Más adelante, en el libro de la Llama, en el comentario a la canción 3, “Oh lámparas de fuego...” , dice el santo que estas lámparas son las virtudes, y estas mismas vio Moisés en el monte Sinaí, y postrado en tierra clama: “Emperador, Señor, Dios, misericordioso, clemente, paciente, de mucha miseración, verdadero, que guardas misericordia en millares...., que ninguno hay inocente de suyo delante de ti. (Ex 34, 5-8)”. (LlB 3, 4). Y más adelante el santo, comentando la misma canción, destaca cómo la misericordia es lámpara que da fuerza y luz: “Porque cuando uno ama y hace bien a otro, hácele bien y ámales según su condición y propiedades; y así tu Esposo, estando en ti, como quien él es, te hace mercedes;... siendo él misericordioso, piadoso y clemente, sientes su misericordia y piedad y clemencia”; y termina con una profunda ternura: “Yo soy tuyo y para darme a ti y gusto de ser tal cual soy por ser tuyo y para darme a ti” (CB 3, 6). Y con el mismo sentimiento que ha dejado transparentar en la Oración del alma enamorada, aquí también lo expone: Soy tuyo y para darme a ti, que es el lenguaje del Dios enamorado fuertemente de todos los hombres.

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